Sinds 1952 worden er zeehonden opgevangen op Texel. Ecomare (destijds onder de naam Het Texels Museum en later het Natuur Recreatie Centrum) was de eerste plek in Europa waar gewonde of verzwakte zeehonden werden opgevangen en werden verzorgd. Naast de opvang werd er ook aandacht gevestigd op de problemen in het Waddengebied en de zeehondenjacht. Mede hierdoor werd de jacht op zeehonden verboden en begon de bescherming van de Waddenzee.

Ecomare vangt zeehonden op die het anders niet zouden overleven in de natuur, denk aan zeehondenpups (ook wel huilers genoemd) die hun moeder kwijt zijn geraakt en nog niet voor zichzelf kunnen zorgen. Deze dieren worden opgevangen en verzorgd tot ze oud en sterk genoeg zijn om weer uitgezet te worden op het strand of op een zandbank. Een enkele keer komt het voor dat een zeehond niet uitgezet kan worden, bijvoorbeeld doordat de zeehond blind is of zijn tanden mist. Deze zeehonden worden tot aan hun dood verzorgd in Ecomare.

Vrijwel het hele jaar door worden er jonge zeehonden bij Ecomare binnengebracht. Dit komt doordat de twee zeehondensoorten die in de Waddenzee leven (de gewone zeehond en de grijze zeehond) in andere periodes van het jaar hun jongen krijgen.

Naast de zeehondenopvang heeft Ecomare ook een vogelopvang. Ook hier is het doel om de dieren weer vrij te laten als ze voldoende hersteld zijn. De vogelopvang van Ecomare richt zich op zeevogels, maar er worden ook kleine zoogdieren opgevangen.

De opvang van gewonde en verzwakte dieren is belangrijk, maar minstens net zo belangrijk is de educatie van de bezoekers over de unieke natuur van de Waddenzee en de Noordzee. In de Walviszaal leer je, onder andere aan de hand van skeletten, over de walvissen die in de zeeën rondom Nederland leven of voorkomen. De tentoonstelling Wonderlijk Wad is een ontdekkingsreis door het Waddengebied, over het ontstaan en het belang van het gebied. En bij de Waddenstad leer je onder andere wat een meeuw eet en welke vijanden een mossel heeft.

Qua toegankelijkheid: er zijn vijf invalidenplaatsen beschikbaar bij Ecomare. Twee hiervan zijn te vinden op het grote parkeerterrein voor de ingang. De andere drie zijn bij het entreegebouw te vinden. Er zijn diverse liften aanwezig om naar de verschillende verdiepingen te komen. Ook zijn er binnen enkele kleine hellingen om net op een ander niveau te komen. Het terrein buiten is volledig verhard. Daarnaast is er een looproute van ongeveer een kilometer net buiten het park, welke enkel toegankelijk is vanaf het park. Deze route stond onder water toen wij er waren, we hebben deze route daarom niet kunnen testen. Om deze route te volgen moet je wel via een steil pad een duin over. Voor deze route is een begeleider daarom wél noodzakelijk.